①外源污染：如生活污水、工业废水等，虽然会经过污水处理站的处理，但是常有处理不到位或不达标而蓄意偷排现象，有些地区排水管网设计不合理，管道存在堵塞、变形、破损等缺陷，加之排污系统与雨水利用系统混接、乱接、错接，污水处理厂事故排放等，导致污水与地下水甚至河道水双向渗漏，从而导致各类污物进入河道水体，产生黑臭现象。
②内源污染：水体内各类生物代谢产物及死亡后尸体的腐败积累会形成有机物污染，长期沉积的淤泥、污物受到扰动再次悬浮会产生大量颗粒悬浮物，都会很大程度上降低河道水体的自净能力，长期这样会引发水体黑臭现象。
③水动力条件不足：水体流通不畅导致水体复氧能力减弱;蓝绿藻快速繁殖，引发水体水质恶化甚至发生黑臭。
④不利气温条件：当温度升高，河道底泥及水体中污染物降解加快，耗氧过程加速，导致水体溶解氧浓度的快速下降，加剧水体黑臭。
水体中有机污染物含量过高时，在好氧微生物的作用下，有机物分解会大量消耗水中的氧气，使水体转化成缺氧或厌氧状态。在缺氧和厌氧条件下，水体中的铁、锰等金属离子与水中的硫离子形成硫化亚铁、硫化锰等化合物。悬浮颗粒吸附硫化亚铁、硫化锰等，致使水体变黑;有机物腐败、分解，产生氨、硫化氢、硫醇、硫醚、有机胺和有机酸等恶臭物质，致使水体变臭。
①人文：这种水体中含有大量的有毒物质，能够散发出大量对人体有害的气味，严重污染空气环境，影响城市居民的正常生活。
②经济：河水的黑臭是城市空气与城市的整体效果大大降低，并且对周围的旅游造成很严重的影响，限制了城市自身的发展。